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 第2章 生態系への湖岸地形改変等による影響

 2-1 湖岸域の変化 2-2 在来植生・希少植物に対する人為的圧力

 2-3 南湖集水域における環境と流入負荷量の長期変化

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 第3章 水草をめぐる南湖生態系の現況と課題

 3-1 水草（沈水植物）の湖沼生態系での役割と水草の管理について 3-2 水草に対する県民意識

 3-3 流れ藻の漂着とその要因 3-4 南湖の水草の変遷と環境要因 3-5 水草除去の比較対照実験

 3-6 水草の大量繁茂による水の停滞と湖底の貧酸素水塊、そして水草除去による回復

 3-7 底生生物相と水草の関係 3-8 南湖における固有沈水植物ネジレモの遺伝的多様性

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 第4章 水質問題とプランクトンの変化が及ぼす生態系への影響

 4-1 琵琶湖南湖における水質の長期トレンドと主な現象について(1979～2012年度）

 4-2 瀬田川流心における植物プランクトンと放流量の関係解析

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 4-3 沈水植物の除去によるアオコ発生抑制効果調査 

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 第5章 水位操作と生態系の関係について

 5-1 琵琶湖の魚類と水位調整に関わる最新研究からの保全政策提言レビュー

 5-2 ホンモロコへ琵琶湖の水位調整による影響と回復への保全目標

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 第6章 生物多様性保全の課題について

 6-1 南湖におけるヨシ群落の遺伝的多様性について 6-2 生物多様性の原状(動物)

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 第7章 外来生物の防除について

 7-1 琵琶湖における侵略的外来水生植物3種の分布状況の推移

 7-2 外来底生動物の問題点 7-3 在来魚の保全対策における河口浅場の重要性

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 第8章生物多様性保全の制度的手法について

 8-1 滋賀とびわ湖の生物多様性問題とそのガバナンス

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 第9章 南湖の望ましい姿と評価指標

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