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軟体動物門： 二枚貝綱 Class Bivalvia
イガイ目 Order Mytilida
イガイ科 Family Mytilidae
カワヒバリガイ（外来種）（別名：タンスイイガイ） Limnoperna fortunei (Dunker, 1857)
イシガイ目 Order Unionida
イシガイ科 Family Unionidae
タガイ Anodonta japonica Clessin, 1874
ヌマガイ Anodonta lauta Martens, 1877
マルドブガイ（固有種） Anodonta calipygos Kobelt, 1879
メンカラスガイ Cristaria clessini (Kobelt, 1879)
オバエボシガイ Inversidens brandtii (Kobelt, 1879)
オトコタテボシガイ（固有種）（別名：セタイシガイ） Inversiunio reinianus (Kobelt, 1879)
ササノハガイ Lanceolaria oxyrhyncha (v. Martens, 1861)
オグラヌマガイ（固有種） Sinanodonta tumens (Haas, 1910)
カタハガイ Obovalis omiensis (Heimburg, 1884)
マツカサガイ Pronodularia japanensis (Lea, 1834)
タテボシガイ Nodularia nipponensis (Martens, 1877)
イケチョウガイ（固有種） Sinohyriopsis schlegelii (v. Martens, 1861)
ドブシジミ目 Order Sphaeriida
ドブシジミ科 Family Sphaeriidae
ビワコドブシジミ Sphaerium japonicum biwaensis Mori, 1933
カワムラマメシジミ（固有種） Euglesa kawamurai kawamurai (Mori, 1938)
ハイイロマメシジミ Euglesa casertana
マメシジミ Odhneripisidium japonicum (Pilsbry et Hirase)
マルスダレガイ目 Order Venerida
シジミ科 Family Cyrenidae
セタシジミ（固有種） Corbicula sandai Reinhardt
マシジミ（別名：アワジシジミ） Corbicula leana Prime
外来シジミ類 Corbicula spp.