鰓脚綱 Branchiopoda
シダミジンコ科 Sididae
シダミジンコ Sida ortiva Korovchinsky, 1979
オオメオナガミジンコ Diaphanosoma macrophthalma Korovchinsky et Mirabdullaev, 1995
ホロミジンコ科 Holopediidae
ホロミジンコ Holopedium gibberum Zaddach, 1855
ミジンコ科 Daphniidae
ハリナガミジンコ Daphnia longispina (O. F. Müller, 1776)
ビワミジンコ（固有種） Daphnia biwaensis Uéno, 1934
カブトミジンコ Daphnia galeata Sars, 1864
マギレミジンコ Daphnia ambigua Scourfield, 1947
プリカリアミジンコ(新称)(外来種)Daphnia pulicaria Forbus, 1893
ミジカオミジンコ（新称）Daphnia obtusa Kurz, 1874
キングアオムキミジンコ（新称）Scapholeberis kingi Sars, 1888
オカメミジンコ Simocephalus mixtus Sars, 1903
トゲオカメミジンコ Simocephalus exspinosus (DeGeer, 1778)
トガリオカメミジンコ Simocephalus serrulatus (Koch, 1841)
トガリネコゼミジンコ Ceriodaphnia cornuta Sars, 1885
ヒメネコゼミジンコ Ceriodaphnia pulchella Sars, 1862
ニセネコゼミジンコ Ceriodaphnia dubia Richard, 1894
ネコゼミジンコ Ceriodaphnia quadrangula (O. F. Müller, 1785)
タマミジンコ科 Moinidae
タマミジンコ Moina macrocopa (Straus, 1820)
スカシタマミジンコ Moina micrura Kurz, 1875
フトオケブカミジンコ科 Ilyocryptidae
トゲフトオケブカミジンコ Ilyocryptus spinifer Herrick, 1882
クサビフトオケブカミジンコ（新称） Ilyocryptus cuneatus Stifter, 1988
スミヤカフトオケブカミジンコ（新称） Ilyocryptus agilis Kurz
ケブカミジンコ科 Macrothricidae
ケブカミジンコ Macrothrix rosea (Jurine, 1820)
トゲケブカミジンコ Macrothrix spinosa King, 1853
ゾウミジンコ科 Bosminidae
ゾウミジンコ Bosmina longirostris (O. F. Müller, 1776)
ニセゾウミジンコ Bosmina fatalis Burckhardt, 1924
ゾウミジンコモドキ Bosminopsis deitersi Richard, 1895
マルミジンコ科 Chydoridae
ニホンノコギリミジンコ Eurycercus nipponica Tanaka et Fujita, 2002
ヒラタミジンコ Camptocercus rectirostris Schödler, 1862
フナゾコミジンコ Acroperus harpae (Baird, 1834)
ヒロハシミジンコ Graptoleberis testudinaria (Fischer, 1851)
クルツミジンコ（新称） Kurzia latissima (Kurz, 1875)
ヒロオミジンコ Leydigia leidigi (Schoedler, 1863)
トゲヒロオミジンコ Leydigia acanthocercoides (Fischer, 1854)
カクトゲヒロオミジンコ Leydigia ciliata (Gauthier, 1939)
オオシカクミジンコ Alona affinis (Leydig, 1860)
シカクミジンコ Alona quadrangularis (O. F. Müller, 1776)
モンシカクミジンコ Alona guttata Sars, 1862
オオスジシカクミジンコ Alona costata Sars, 1862
エレガンスシカクミジンコ Alona elegans Kurz, 1875
ナカシカクミジンコ（新称）Alona intermedia Sars, 1862
コシカクミジンコ Coronatella rectangula (Sars, 1862)
ニセシカクミジンコ Karualona karua (King, 1853)
スカシシカクミジンコ Leberis diaphanus (King, 1853)
タマシカクミジンコ（新称） Notoalona globulosa (Daday, 1898)
ホソオミジンコ（新称） Oxyurella tenuicaudis (Sars, 1862)
ヒトツメマルミジンコ Monospirus dispar Sars, 1862
クツオミジンコ（新称） Dunhevedia crassa King, 1853
ハシシカクミジンコ Disparalona rostrata (Koch, 1841)
カギハシミジンコ Disparalona hamata (Birge, 1879)
ナメラカハシミジンコ Picripleuroxus laevis (Sars, 1862)
ハシミジンコ Pleuroxus trigonellus (O. F. Müller, 1776)
カギアリハシミジンコ Pleuroxus uncinatus (Baird, 1850)
シカクミジンコモドキAlonella excisa (Fischer, 1854)
マルミジンコモドキ（新称）Ephemeroporus barroisi (Richard, 1894)
マルミジンコ Chydorus sphaericus (O. F. Müller, 1776)
ニセマルミジンコ（新称） Pseudochydorus globosus (Baird, 1843)
ノロミジンコ科 Leptodoridae
ノロミジンコ Leptodora richardi Korovchinsky, 2009
カイエビ亜目 Spinicaudata
カイエビ科 Cyzicidae
カイエビ Caenestheriella gifuensis (Ishikawa)
ヒメカイエビ科 Limnadiidae
ヒメカイエビの1種 Eulimnadia sp.
顎脚綱 Maxillopoda
カイムシ(貝虫)綱 Ostracoda
カイムシの1種 Ostracoda spp.