脊索動物門：無顎類（円口類） Agnatha

ヤツメウナギ目 Petromyzontiformes

ヤツメウナギ科 Petromyzontidae

スナヤツメ Lethenteron  spp.

顎口類（魚類） Gnathostomata

サケ目 Salmoniformes

サケ科 Salmonidae

ビワマス（固有亜種） Oncorhynchus  sp.

アマゴ（降海個体：サツキマス） Oncorhynchus masou ishikawae   Jordan and McGregor, 1925

アユ科 Plecogiossidae

アユ Plecoglossus altivelis altivelis  (Temminck and Schlegel, 1846)

キュウリウオ科 Osnerldae

ワカサギ（国内外来種） Hypomesus nipponensis   McAllister, 1963

コイ目 Cypriniformes

コイ科 Cypridae

タモロコ Gnathopogon elongatus elongatus  (Temminck and Schlegel, 1846)

ホンモロコ（固有種） Gnathopogon caerulescens  (Sauvage, 1883)

スゴモロコ（固有種） Squalidus chankaensis biwae  (Jordan and Snyder, 1900)

デメモロコ Squalidus japonicus japonicus  (Sauvage, 1883)

アブラヒガイ（固有種） Sarcocheilichthys biwaensis  Hosoya, 1982

ビワヒガイ（固有亜種） Sarcocheilichthys variegatus microoculus   Mori, 1927

ニゴイ Hemibarbus barbus  (Temminck and Schlegel, 1846)

コウライニゴイ Hemibarbus labeo  (Pallas, 1776)

ツチフキ Abbottina rivularis  (Basilewsky, 1855)

カマツカ Pseudogobio esocinus  (Temminck and Schlegel, 1846)

ゼゼラ Biwia zezera   (Ishikawa, 1895)

ヨドゼゼラ（固有種） Biwia yodoensis  Kawase and Hosoya, 2010

モツゴ Pseudorasbora parva  (Temminck and Schlegel, 1846)

ウグイ Pseudaspius hakonensis  (Günther, 1877)

アブラハヤ Rhynchocypris lagowskii steindachneri (Sauvage 1883)

カワバタモロコ Hemigrammocypris neglecta  (Stieler, 1907)

アオウオ（外来種） Mylopharyngodon piceus  (Richardson, 1846)

ソウギョ（外来種） Ctenopharyngodon idellus  (Valenciennes, 1844)

ヌマムツ Candidia sieboldii  (Temminck and Schlegel, 1846)

カワムツ Candidia temminckii  (Temminck and Schlegel, 1846)

オイカワ Opsariichthys platypus  (Temminck and Schlegel, 1846)

ハス Opsariichthys uncirostris uncirostris  (Temminck and Schlegel, 1846)

ワタカ（固有種） Ischikauia steenacheri  (Sauvage, 1883)

ハクレン（外来種） Hypophthalmichthys molitrix  (Valenciennes, 1844)

ギンブナ Carassius   sp.

ニゴロブナ（固有亜種） Carassius buergeri grandoculis  Temminck and Schlegel, 1846

ゲンゴロウブナ（固有種） Carassius cuvieri  Temminck and Schlegel, 1846

コイ（野生型） Cyprinus carpio  Linnaeus, 1758

ヤリタナゴ Tanakia lanceolata  (Temminck and Schlegel, 1846)

イチモンジタナゴ Acheilognathus cyanostigma  Jordan and Fowler, 1903

シロヒレタビラ Acheilognathus tabira tabira  Jordan and Thompson, 1914

カネヒラ Acheilognathus rhombeus  (Temminck and Schlegel, 1846)

ニッポンバラタナゴ  Rhodeus ocellatus kurumeus  Jordan and Thompson, 1914

タイリクバラタナゴ（外来種） Rhodeus ocellatus ocellatus (Kner, 1866)

ドジョウ科 Cobitidae

ビワコガタスジシマドジョウ（固有亜種） Cobitis minamorii oumiensis  Nakajima, 2012

オオガタスジシマドジョウ（固有種） Cobitis magnostriata  Nakajima, 2012

アユモドキ Parabotia curtus (Temminck and Schlegel, 1846)

ナマズ目 Siluriformes

ナマズ科 Siluridae

ナマズ Silurus asotus  Linnaeus, 1758

イワトコナマズ（固有種） Silurus lithophilus  (Tomoda, 1961)

ビワコオオナマズ（固有種） Silurus biwaensis  (Tomoda, 1961)

アメリカナマズ科 Ictaluridae

チャネルキャットフィッシュ（別名:アメリカナマズ）（外来種） Ictalurus punctatus   (Rafinesque, 1818)

ギギ科 Bagridae

ギギ Tachysurus nudiceps  (Sauvage, 1883)

ウナギ目 Anguilliformes

ウナギ科 Anguilldae

ニホンウナギ Anguilla japonica  Temminck and Schlegel, 1846

ダツ目 Beloniformes

メダカ科 Adrianichthyidae

ミナミメダカ Oryzias latipes  Temminck and Schlegel, 1846

カダヤシ目 Cyprinodontiformes

カダヤシ科 Poeciliidae

カダヤシ（外来種） Gambusia affinis  (Baird and Girard, 1853)

スズキ目 Perciformes

タイワンドジョウ科 Channidae

カムルチー（外来種） Channa argus  (Cantor, 1842)

サンフィッシュ科 Centrarchidae

ブルーギル（外来種） Lepomis macrochirus  Rafinesque, 1819

オオクチバス（ブラックバス）（外来種） Micropterus salmoides  (Lacepède, 1802)

コクチバス（ブラックバス）（外来種） Micropterus dolomieu dolomieu  (Lacepède, 1802)

ハゼ科 Gobiidae

ドンコ Odontobutis obscura obscura  (Temminck and Schlegel, 1845)

トウヨシノボリ（旧 オウミヨシノボリ） Rhinogobius   sp.OR

ビワヨシノボリ（固有種） Rhinogobius biwaensis  Takahashi and Okazaki, 2017

ウキゴリ Gymnogobius urotaenia  (Hilgendorf, 1879)

イサザ（固有種） Gymnogobius isaza  (Tanaka, 1916)

ヌマチチブ（国内外来種） Tridentiger brevispinis  Katsuyama, Arai and Nakamura, 1972

カサゴ目 Scorpaeniformes

カジカ科 Cottidae

ウツセミカジカ Cottus reinii  Hilgendorf, 1879

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