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シダ植物 Monilophyta
シダ綱 Pteridopsida
サンショウモ目 Salviniales
アカウキクサ科 Azollaceae
外来性アゾラ類（外来種）azolla spp.
被子植物 Angiospermae
マツモ目 Ceratophyllales
マツモ科 Ceratophyllaceae
マツモ Ceratophyllum demersum L.
単子葉植物 Monocots
オモダカ目 Alismatales
サトイモ科 Araceae
ボタンウキクサ（外来種） Pistia stratiotes L.
トチカガミ科 Hydrocharitaceae
コウガイモ Vallisneria denseserrulata (Makino) Makino
ネジレモ（固有種） Vallisneria asiatica Miki var. biwaensis Miki
クロモ Hydrilla verticillata (L. f.) Royle
コカナダモ（外来種） Elodea nuttallii (Planch.) St. John
オオカナダモ（外来種） Egeria densa Planch.
ヒルムシロ科 Potamogetonaceae
ヒロハノエビモ Potamogeton perfoliatus L.
ガシャモク Potamogeton dentatus Hagstr.
ササバモ Potamogeton wrightii Morong
エビモ Potamogeton crispus L.
センニンモ Potamogeton maackianus A. Benn.
サンネンモ（固有種） Potamogeton biwaensis Miki
オオササエビモ Potamogeton anguillanus Koidz.
ツユクサ目 Commelinales
ミズアオイ科 Pontederiaceae
ホテイアオイ（外来種） Eichhornia crassipes (Mart.) Solms-Laub.
イネ目 Graminales
カヤツリグサ科 Cyperaceae
オニナルコスゲ Carex vesicaria var. vesicaria
イネ科 Gramineae
キシュウスズメノヒエ（外来種） Paspalum distichum L.
チクゴスズメノヒエ（外来種） Paspalum distichum L. var. indutum Shinners
ヨシ Phragmites australis (Cav.) Trin. ex Steud.
ツルヨシ Phragmites japonica Steud.
セイタカヨシ Phragmites karka (Retz.) Trin. ex Steud.
真正双子葉植物 Eudicots
ユキノシタ目 Saxifragales
タコノアシ科 Penthoraceae
タコノアシ Penthorum chinense Pursh
アリノトウグサ科 Haloragaceae
ホザキノフサモ Myriophyllum spicatum L.
オオフサモ（外来種） Myriophyllum aquaticum (Vell.) Veldc.
フトモモ目 Myrtiflorae
ミソハギ科 Lythraceae
ヒシ Trapa Japonica Flenov
オニビシ Trapa natans L. var. japonica Nakai
アカバナ科 Onagraceae
ウスゲオオバナミズキンバイ（外来種） Ludwigia grandiflora (Michx.) Greuter et Burdet subsp. hexapetala (Hook. et Arn.) G.L.Nesom et Kartesz
マメ目 Fabales
マメ科 Fabaceae
ハマエンドウ Lathyrus japonicus ssp. japonicus
バラ目 Rosales
バラ科 Rosaceae
カワラサイコ Potentilla chinensis Ser.
ウリ目 Cucurbitales
ウリ科 Cucurbitaceae
アレチウリ（外来種） Sicyos angulatus L.
キントラノオ目 Malpighiaceae
トウダイグサ科 Euphorbiaceae
ノウルシ Euphorbia adenochlora
アブラナ目 Brassicales
アブラナ科 Brassicaceae
タチスズシロソウ Arabidopsis kamchatica ssp. kawasakiana
ナデシコ目 Caryophyllales
タデ科 Polygonaceae
ヤナギヌカボ Persicaria foliosa (H. Lindb.) Kitag. var. paludicola (Makino) H. Hara
サイコクヌカボ Persicaria foliosa (H. Lindb.) Kitag. var. nikaii (Makino) H. Hara
ナガバノウナギツカミ Persicaria hastatosagittata (Makino) Nakai
サデクサ Persicaria maackiana (Regel) Nakai
ヌカボタデ Persicaria taquetii (H. Lev.) Koidz.
ヒユ科 Amaranthaceae
ナガエツルノゲイトウ（外来種） Alternanthera philoxeroides (Mart.) Griseb.
ツツジ目 Ericales
ヤブコウジ科 Myrsinaceae
ヤナギトラノオ Lysimachia thysiflora
リンドウ目 Gentianales
キョウチクトウ科 Apocynaceae
コバノカモメヅル Vincetoxicum sublanceolatum var. sublanceolatum
ナス目 Solanales
ナス科 Solanaceae
オオマルバノホロシ Solanum megacarpum Koidz.
シソ目 Tubiflorae
オオバコ科 Plantaginaceae
オオカワヂシャ（外来種） Veronica anagallis-aquatica L.
シソ科 Labiatae
ミズトラノオ Pogostemon yatabeanus
ヒメナミキ Scutellaria dependens Maxim.
ミゾコウジュ Salvia plebeia R. Br.
ハマゴウ Vitex rotundifolia L. f.
キク目 Asterales
ミツガシワ科 Menyanthaceae
アサザ Nymphoides peltata (Gmel.) Kuntze
キク科 Asteraceae
ミズヒマワリ（外来種） Gymnocoronis spilanthoides DC.
オオキンケイギク（外来種） Coreopsis lanceolata L.
セリ目 Apiales
セリ科 Apiaceae
ヌマゼリ（別名：サワゼリ） Sium suave Walter var. nipponicum (Maxim.) H. Hara