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シダ植物： 真葉シダ植物 Monilophyta
サンショウモ目 Order Salviniales
アカウキクサ科 Family Azollaceae
外来性アゾラ類（外来種） azolla spp.
被子植物
マツモ目 Order Ceratophyllales
マツモ科 Family Ceratophyllaceae
マツモ Ceratophyllum demersum L.
被子植物： 真正双子葉植物 Eudicots
ユキノシタ目 Order Saxifragales
タコノアシ科 Family Penthoraceae
タコノアシ Penthorum chinense Pursh
アリノトウグサ科 Family Haloragaceae
ホザキノフサモ Myriophyllum spicatum L.
オオフサモ（外来種） Myriophyllum aquaticum (Vell.) Veldc.
フトモモ目 Order Myrtales
ミソハギ科 Family Lythraceae
ヒシ Trapa Japonica Flenov
オニビシ Trapa natans L. var. japonica Nakai
アカバナ科 Family Onagraceae
ウスゲオオバナミズキンバイ（外来種） Ludwigia grandiflora (Michx.) Greuter et Burdet subsp. hexapetala (Hook. et Arn.) G.L.Nesom et Kartesz
マメ目 Order Fabales
マメ科 Family Fabaceae
ハマエンドウ Lathyrus japonicus ssp. japonicus
バラ目 Order Rosales
バラ科 Family Rosaceae
カワラサイコ Potentilla chinensis Ser.
ウリ目 Order Cucurbitales
ウリ科 Family Cucurbitaceae
アレチウリ（外来種） Sicyos angulatus L.
キントラノオ目 Order Malpighiaceae
トウダイグサ科 Family Euphorbiaceae
ノウルシ Euphorbia adenochlora
アブラナ目 Order Brassicales
アブラナ科 Family Brassicaceae
タチスズシロソウ Arabidopsis kamchatica ssp. kawasakiana
ナデシコ目 Order Caryophyllales
タデ科 Family Polygonaceae
ヤナギヌカボ Persicaria foliosa (H. Lindb.) Kitag. var. paludicola (Makino) H. Hara
サイコクヌカボ Persicaria foliosa (H. Lindb.) Kitag. var. nikaii (Makino) H. Hara
ナガバノウナギツカミ Persicaria hastatosagittata (Makino) Nakai
サデクサ Persicaria maackiana (Regel) Nakai
ヌカボタデ Persicaria taquetii (H. Lev.) Koidz.
ヒユ科 Family Amaranthaceae
ナガエツルノゲイトウ（外来種） Alternanthera philoxeroides (Mart.) Griseb.
ツツジ目 Order Ericales
ヤブコウジ科 Family Myrsinaceae
ヤナギトラノオ Lysimachia thysiflora
リンドウ目 Order Gentianales
キョウチクトウ科 Family Apocynaceae
コバノカモメヅル Vincetoxicum sublanceolatum var. sublanceolatum
ナス目 Order Solanales
ナス科 Family Solanaceae
オオマルバノホロシ Solanum megacarpum Koidz.
シソ目 Order Tubiflorae
オオバコ科 Family Plantaginaceae
オオカワヂシャ（外来種） Veronica anagallis-aquatica L.
シソ科 Family Labiatae
ミズトラノオ Pogostemon yatabeanus
ヒメナミキ Scutellaria dependens Maxim.
ミゾコウジュ Salvia plebeia R. Br.
ハマゴウ Vitex rotundifolia L. f.
キク目 Order Asterales
ミツガシワ科 Family Menyanthaceae
アサザ Nymphoides peltata (Gmel.) Kuntze
キク科 Family Asteraceae
ミズヒマワリ（外来種） Gymnocoronis spilanthoides DC.
オオキンケイギク（外来種） Coreopsis lanceolata L.
セリ目 Order Apiales
セリ科 Family Apiaceae
ヌマゼリ（別名：サワゼリ） Sium suave Walter var. nipponicum (Maxim.) H. Hara
被子植物： 単子葉植物 Monocots
オモダカ目 Order Alismatales
サトイモ科 Family Araceae
ボタンウキクサ（外来種） Pistia stratiotes L.
トチカガミ科 Family Hydrocharitaceae
コウガイモ Vallisneria denseserrulata (Makino) Makino
ネジレモ（固有種） Vallisneria asiatica Miki var. biwaensis Miki
クロモ Hydrilla verticillata (L. f.) Royle
コカナダモ（外来種） Elodea nuttallii (Planch.) St. John
オオカナダモ（外来種） Egeria densa Planch.
ヒルムシロ科 Family Potamogetonaceae
ヒロハノエビモ Potamogeton perfoliatus L.
ガシャモク Potamogeton dentatus Hagstr.
ササバモ Potamogeton wrightii Morong
エビモ Potamogeton crispus L.
センニンモ Potamogeton maackianus A. Benn.
サンネンモ（固有種） Potamogeton biwaensis Miki
オオササエビモ Potamogeton anguillanus Koidz.
ツユクサ目 Order Commelinales
ミズアオイ科 Family Pontederiaceae
ホテイアオイ（外来種） Eichhornia crassipes (Mart.) Solms-Laub.
イネ目 Order Graminales
カヤツリグサ科 Family Cyperaceae
オニナルコスゲ Carex vesicaria var. vesicaria
イネ科 Family Gramineae
キシュウスズメノヒエ（外来種） Paspalum distichum L.
チクゴスズメノヒエ（外来種） Paspalum distichum L. var. indutum Shinners
ヨシ Phragmites australis (Cav.) Trin. ex Steud.
ツルヨシ Phragmites japonica Steud.
セイタカヨシ Phragmites karka (Retz.) Trin. ex Steud.